“中国西南野生种质资源库—微生物库”是中国西南野生种质资源库的重要组成部分，“中国西南野生种质资源库”是国家发展委批复的国家重大科学工程于2005年开始建设，2007年建成并投入试运行，微生物库致力于微生物资源的保护、共享和持续利用，关注自然环境微生物资源的探索、发现和保存。在保证生物安全和保护知识产权的前提下，为工农业生产、卫生健康、环境保护、科研教育提供微生物物种资源、信息资源和专业技术服务。

微生物库的工作主要包括：收集、保藏、交换和供应各类微生物菌种；目前保存有丝孢菌、酵母菌、细菌、放线菌十余万株，其中捕食线虫真菌种类在全国报道中占有80%，全球报道中占有55%，产毒杀线虫真菌60属95种。